circulomics SS-100-101-01说明书

Short Read Eliminator Kit

SKU SS-100-101-01

25 kb Cutoff

$150.00

 产品详细信息
你讨厌短读吗？我们也是！
我们的短读消除器套件使用大小选择性沉淀来显著减少小于25kb的短读。
小于25kb的短DNA的片段逐渐耗尽（即随着DNA变短，耗尽效率增加）。小于10 kb的DNA几乎*被移除。根据测序阅读长度分布和凝胶电泳估计耗尽范围。
读取长度增强取决于：
1） 输入DNA中存在的短DNA量
2） 输入DNA中存在的长DNA量
牛津的纳米孔长度增加了25 kb/PromethION。
PacBio Sequel应用程序即将推出。
总体回收效率取决于：
1） 输入DNA的质量
2） 输入的DNA浓度。
希望能恢复50-70%的HMW DNA。
样本必须主要是HMW DNA（>48 kb），否则回收效率会受到影响。
加工只需要一个简单的离心步骤和两个清洗步骤。总处理时间为1小时。
有关新结果，请参阅我们的出版物页。
包括：
1） SRE短读清除缓冲液-1 mL和2）EB洗脱缓冲液-2 mL
足够至少16个标准净化。

circulomics SS-100-111-01说明书

Short Read Eliminator XL Kit

SKU SS-100-111-01

40 kb Cutoff

$150.00

 产品详细信息
你想要N50吹牛的权利吗？
短读消除器XL套件使用大小选择性沉淀来显著减少40 kb以下的短读。
小于40 kb的短DNA的片段逐渐耗尽（即随着DNA变短，耗尽效率增加）。基于序列读取长度分布估计的耗尽范围。
读取长度增强取决于：
1） 输入DNA中存在的短DNA量
2） 输入DNA中存在的长DNA量
在牛津Nanopore MinION/GridION/PromethION上已经实现了读长度超过50kb的N50。
PacBio Sequel应用程序即将推出。
总体回收效率取决于：
1） 输入DNA的质量
2） 输入DNA浓度。
希望能恢复40-50%的HMW DNA。
此试剂盒需要非常高质量的HMW DNA（>>48 kb），否则回收效率将受到影响！
加工只需要一个简单的离心步骤和两个清洗步骤。总处理时间为1小时。

Circulomics是马里兰州的一家生物技术公司，位于IMET的Harbor Launch Incubator内。迄今为止，Circulomics已从NIH和Maryland TEDCO获得近800万美元的资金，用于开发核酸样品制备，microRNA分析和单分子分析的创新平台，这将推动基因组学技术的研究和临床转化，从测序到表达谱分析和生物标志物分析。

​Circulomics代理-上海金畔生物

2019年7月​Circulomics SS-100-101-01新版说明书

Short Read Eliminator Kit

货号 SS-100-101-01

使用方法：

在开始之前，用去离子水稀释乙醇（96–100%），形成70%乙醇洗涤缓冲液。储存所有缓冲器应在室温（18–25°C）下储存。产品使用电路短读消除器套件仅供研究使用

对于所有协议•
eppendorf-dna-lobind管（eppendorf 022431021）推荐用于大多数图书馆准备工作。

电路短读消除器（SRE-XS、SRE、SRE-XL）可用于快速高通量选择高分子量（HMW）DNA样品。这种方法可以通过逐渐耗尽长度达10 kb（sre-xs）、25 kb（sre）或40 kb（sre-xl）的短DNA来显著提高平均读取长度（图1）。根据输入样本质量的不同，读取长度N50多可增加10–30 kb。该试剂盒采用与标准乙醇沉淀技术类似的离心程序。他们已经在牛津大学纳米孔研究所（Oxford nanopore minion/gridion/promethion）进行了全面的测试。Pacbio Sequel应用程序的协议将很快发布。

图1.1%大小的选择DNA的琼脂糖凝胶分离与尺寸截断证明使用尖刺的梯子（THEOMIC科学Gullulter 1 KB加，αSM1334）。输入为50 ng/μl gDNA，使用Nanobind CBB Big DNA试剂盒+20 ng/μl梯子从GM12878细胞中提取。

使用的试剂盒的选择应基于所需的尺寸选择性能和输入DNA的质量，如下表所示。只有在适当的量子位DNA浓度下使用合适的质量输入DNA，才能达到规定的回收效率。

如果DNA样本被剪切/破碎、浓度低或需要很高的回收率，则应使用短读数消除器XS试剂盒。短读消除器套件需要高质量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48kb。短读消除器XL试剂盒需要非常高质量的HMW DNA，其中大部分DNA大于48 kb。使用质量低于建议的DNA样本将导致回收率低于预期。对于短读消除器XS试剂盒，DNA浓度必须在25–150 ng/μl之间。对于短读消除器和短读消除器XL试剂盒，DNA浓度必须在50–150 ng/μl之间。使用低于建议的DNA输入浓度将导致低于exp。预期回收率。使用高于建议的DNA输入浓度可能会影响尺寸选择性能。DNA浓度必须通过量子比特或皮克格伦分析来确定。由于样品中也可能存在RNA，因此仅使用紫外-可见光谱测量得出的浓度通常会导致低回收率，因为DNA浓度会被高估。DNA样本应在te缓冲液（pH8）、循环缓冲液eb或水中。如果样品缓冲液存在显著差异或含盐量高，则可能会影响尺寸选择特性和回收率。