YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

产品说明书

FAQ

COA

已发表文献

 

YeaCellTM 1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹ RNA-seq利用Oligo (dT)18及TSO Primer引物对单细胞转录本基因进行逆转录,适用于微流控的微量体系。其产物可以经过通用引物进行PCR反应富集cDNA,然后使用翌圣的酶切建库试剂盒,构建测序文库。本产品采用了在M-MLV(RNase H-)Reverse Transcriptase基础上经过多点突变的全新逆转录酶,具有高逆转录效率,低错配率,高保真度等优势。

 

产品组分

组分编号             

名称

13594ES04

13594ES08

13594ES95

13594-A

RT buffer

76 μL

152 μL

2×1130 μL

13594-B

RT Enzyme mix

36 μL

72 μL

1056 μL

 

运输与保存方法

-25~-15℃保存,有效期1年。

 

适用范围

1.适用于哺乳动物或者没有细胞壁的真核生物细胞的高通量单细胞全长cDNA合成

2.10 pg~1 μg带有poly(A)的总RNA。

3.本品不适合原核生物总RNA和有降解的RNA,如FFPE RNA。

 

注意事项

1.请使用无RNase污染的耗材,并对实验区域定期进行清理,推荐使用Thermo Fisher公司的RNAZapTM 高效核酸去除喷雾去除RNA酶污染。

2. 建库需要的其他试剂需自备或另外购买。

3.本产品仅用作科研用途!

 

使用方法
方法1:若实验方案为高通量单细胞实验,根据不同的单细胞仪器进行适当调整

1)准备Reaction Buffer,提前将RT buffer,Template Switch Oligo(自备),Reducing Agent B(自备)室温解冻,颠倒混匀,微离心于管底,置于冰上备用。

1 Reaction Buffer反应体系

组分/样品

体积(μL)

RT buffer

18.8

Template Switch Oligo

2.4

Reducing Agent B

2

RT Enzyme mix

8.8

Total

32

2)按照上表将各组分混合于8联排低吸附离心管中,枪头缓慢吹打瞬离,置于冰上。

3)后续使用参照Cat#12520ES(适配10x Genomics单细胞仪器)说明书进行后续操作。

方法2:若为逆转录实验,参考此步骤

Step 1 RNA变性

1.按照表2配置反应液:

2 RNA预变性反应体系

名称

体积(μL)

Oligo (dT)1820~50 mM)(自备)

1

已裂解的cell or RNA

12

Total

13

2.使用移液器轻轻吹打混匀,瞬离将反应液离心至管底。PCR仪上进行如下反应:(热盖80 on70℃,5 min;立即置于冰上3 min。

Step 2 第一链cDNA的合成(1st Strand Synthesis)

1. 将第一链合成试剂从-20°C取出,室温解冻,颠倒混匀后瞬离。按表3所示,配制第一链cDNA合成的反应液

3 第一链cDNA合成反应体系

名称

体积(μL)

上一步

13

5×RT Buffer

4

TSO Primer(需自行摸索浓度)(自备)

1

RT Enzyme mix

1

ddH2O

1

Total

20

2.使用移液器轻轻吹打混匀,瞬离将反应液离心至管底。于PCR仪上进行如下反应:(热盖105℃ on42℃,90 min;70℃,15min4℃,hold。

3.产物可直接用于二链cDNA合成或于-80℃暂存。

Ver. CN20230706 

YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

暂无内容

YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

暂无内容

 

YeaCellTM 1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹ RNA-seq利用Oligo (dT)18及TSO Primer引物对单细胞转录本基因进行逆转录,适用于微流控的微量体系。其产物可以经过通用引物进行PCR反应富集cDNA,然后使用翌圣的酶切建库试剂盒,构建测序文库。本产品采用了在M-MLV(RNase H-)Reverse Transcriptase基础上经过多点突变的全新逆转录酶,具有高逆转录效率,低错配率,高保真度等优势。

 

产品组分

组分编号             

名称

13594ES04

13594ES08

13594ES95

13594-A

RT buffer

76 μL

152 μL

2×1130 μL

13594-B

RT Enzyme mix

36 μL

72 μL

1056 μL

 

运输与保存方法

-25~-15℃保存,有效期1年。

 

适用范围

1.适用于哺乳动物或者没有细胞壁的真核生物细胞的高通量单细胞全长cDNA合成

2.10 pg~1 μg带有poly(A)的总RNA。

3.本品不适合原核生物总RNA和有降解的RNA,如FFPE RNA。

 

注意事项

1.请使用无RNase污染的耗材,并对实验区域定期进行清理,推荐使用Thermo Fisher公司的RNAZapTM 高效核酸去除喷雾去除RNA酶污染。

2. 建库需要的其他试剂需自备或另外购买。

3.本产品仅用作科研用途!

 

使用方法
方法1:若实验方案为高通量单细胞实验,根据不同的单细胞仪器进行适当调整

1)准备Reaction Buffer,提前将RT buffer,Template Switch Oligo(自备),Reducing Agent B(自备)室温解冻,颠倒混匀,微离心于管底,置于冰上备用。

1 Reaction Buffer反应体系

组分/样品

体积(μL)

RT buffer

18.8

Template Switch Oligo

2.4

Reducing Agent B

2

RT Enzyme mix

8.8

Total

32

2)按照上表将各组分混合于8联排低吸附离心管中,枪头缓慢吹打瞬离,置于冰上。

3)后续使用参照Cat#12520ES(适配10x Genomics单细胞仪器)说明书进行后续操作。

方法2:若为逆转录实验,参考此步骤

Step 1 RNA变性

1.按照表2配置反应液:

2 RNA预变性反应体系

名称

体积(μL)

Oligo (dT)1820~50 mM)(自备)

1

已裂解的cell or RNA

12

Total

13

2.使用移液器轻轻吹打混匀,瞬离将反应液离心至管底。PCR仪上进行如下反应:(热盖80 on70℃,5 min;立即置于冰上3 min。

Step 2 第一链cDNA的合成(1st Strand Synthesis)

1. 将第一链合成试剂从-20°C取出,室温解冻,颠倒混匀后瞬离。按表3所示,配制第一链cDNA合成的反应液

3 第一链cDNA合成反应体系

名称

体积(μL)

上一步

13

5×RT Buffer

4

TSO Primer(需自行摸索浓度)(自备)

1

RT Enzyme mix

1

ddH2O

1

Total

20

2.使用移液器轻轻吹打混匀,瞬离将反应液离心至管底。于PCR仪上进行如下反应:(热盖105℃ on42℃,90 min;70℃,15min4℃,hold。

3.产物可直接用于二链cDNA合成或于-80℃暂存。

Ver. CN20230706 

YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

暂无内容

YeaCell™ 单细胞3 RNA-seq第一链合成试剂盒(1st Strand Synthesis kit for Single Cell 3ʹRNA-seq)

暂无内容

Seq-Well:一种便携、低成本且高通量的单细胞RNA测序方法

 

Seq-Well:一种便携、低成本且高通量的单细胞RNA测序方法

 

对单细胞中的mRNA分子进行测序,能够揭示这些细胞在特定时间内发生的事件。然而,这种分析所需的设备非常笨重并且不能广泛获得。

麻省理工学院(MIT)的研究人员如今开发了一种便携式的技术,可以快速地从许多细胞中制备RNA并同时进行测序,他们认为这将使单细胞RNA测序方法得到更广泛的使用。这项新技术被称为Seq-Well,可以使科学家们更容易地识别组织样本中的不同细胞类型,帮助他们研究免疫细胞如何对抗感染和癌细胞如何响应治疗等。

​MIT的助理教授Alex K. Shalek说,“它并不是通过挑选一个标记物来定义一种细胞类型,使用单细胞RNA测序,我们可以观察在特定时刻细胞中表达的一切。通过发现细胞之间的共同模式,我们可以了解这些细胞的类型。”

Shalek等人在过去几年中已经开发了多种单细胞RNA测序策略。在这项新研究中,他与MIT的副教授J. Christopher Love合作,创建了一个新版本的技术,可以使用非常简单的设备快速分析大量细胞。

Love说,“我们将之前开发的技术结合在一起,使研究人员能够在一系列不同的临床样品和环境中进行这种类型的测序,它克服一些障碍,可以使这些技术得到更广泛的应用。”

这项新技术于2月13日发表在《Nature Methods》上,Love和Shalek是其通讯作者。

快速分析

人体中的大多数细胞仅表达基因组中基因的一部分。这些基因的信息被复制到mRNA分子中,也称为RNA转录物,指导细胞构建特异性蛋白质。每个细胞的基因表达谱根据其功能而变化。

对血液或组织样本中的许多单细胞进行RNA测序,提供了一种基于基因表达模式来区分细胞的方法。这使科学家能够确定细胞的功能,包括它们在疾病或治疗反应中的作用。

测序大量细胞的关键是追踪哪些RNA转录物来自哪个细胞。早的技术需要将细胞分选到多孔板上的单独的管或隔室中,然后分别将每个细胞制备成测序文库。

这个过程能够顺利进行,但不能处理含有数千个细胞的大样品,例如血液样品或组织样品,且每个细胞的成本在25美元到35美元之间。

Shalek等人近开发了微流体技术,以帮助实现自动化和并行化过程,但是所需设备的数量使其不容易运输。

Shalek和Love意识到,Love以前开发的用于分析单细胞蛋白质分泌物的技术,可以使用便携式设备,快速和低成本地进行单细胞RNA测序。

Love的实验室开发的这个微型系统,可以分离单细胞,测量每个细胞分泌的抗体和其他蛋白质。该设备类似于一个微小的冰块托盘,将每个细胞置于一个隔室中。Love还开发了一个称为微雕刻的过程,使用这些托盘,可以容纳数万个细胞,以测量每个细胞的蛋白质分泌物。

为了使用这种方法测序RNA,研究人员创建了纳米孔阵列,每个纳米孔可捕获一个单细胞和一个条形码珠子,以进一步捕获RNA的片段。纳米孔用半透膜密封,允许破坏细胞所需的化学物质通过,而同时保证RNA不流失。RNA结合珠子后被移除并进行测序。使用该过程每个细胞的成本小于1美元。

​Seq-Well 的工作流程。

揭露未知

与以前的单细胞RNA测序技术类似,Seq-Well技术能够捕获和分析每个细胞RNA转录物总数的10%~15%。

Love说,“这包含了映射到数千个基因的丰富信息。关注这些基因的集合,就可以通过其共同的表达来鉴定细胞的类型。”

在该文章中,研究人员使用Seq-Well来分析被称为巨噬细胞的免疫细胞,其被结核病感染。他们鉴定出了不同的人群和对感染的反应。Shalek等人还把这项技术带到南非,并分析了那里的TB和HIV感染患者的组织样本。

Shalek说,“这样一个简单的系统可以被携带到任何地方,这可以导致单细胞RNA测序技术的广泛应用。”

Love的实验室正在使用该方法分析食物过敏的人的免疫细胞,这可以帮助研究人员确定为什么一些人能够更好地响应过敏治疗。Love说,“慢性疾病中还有很多未知数,这些类型的工具可帮助你获得新的见解。”

此外,研究团队还与Dana-Farber/Harvard癌症中心的临床研究人员合作,将该技术应用于发现新的免疫疗法来治疗癌症。

参考文献:

Seq-Well: portable, low-cost RNA sequencing of single cells at high throughput. Nature Methods (2017) doi:10.1038/nmeth.4179​​​​

 

SeqWell 描述:

  • 试剂盒包含制备文库所需的主要试剂,包括Magwise™顺磁珠(不包括DNA聚合酶)
  • 一个96孔板输入的文库制备
  • 在3-30 ng的宽输入范围内对输入DNA进行归一化
  • 基于批量的定价(节省实验室总成本的30-50%)

推荐应用:

  • 合成构建体测序(扩增子,质粒,BAC等)
  • 微生物组筛选
  • 微生物全基因组测序
  • 单链RNA
  • 低深度全基因组/ GBS

 

规格:

  • 从96个样本中准备多重库的时间:
    • 动手时间:1小时
    • 总耗时:3小时
  • 推荐输入:每个样品3-30 ng基因组DNA(n = 96)
  • 预期成绩:
    • 文库产量:750 – 1500 fmoles的纯化的多重文库
    • 文库多样性:每个样品每1M测序读取的重复率<5%
    • 大量归一化:所有96个样品的读数计数通常小于2.5倍(小到大)
  • 与Illumina测序系统的兼容性:
    • 与Illumina公司MiSeq®,NextSeq®,HiSeq®和NovaSeq®仪器平台兼容

 

 

plexWell™96

$ 1,536.00

 

plexWell™384

$ 4,992.00

 

 

 

plexWell™96

$ 1,536.00

plexWell™96

$ 1,536.00

 

PicoPLEX™ DNA-seq Kit说明书

rubicon genomics,rubicon genomics代理,rubicon genomics上海代理,rubicon genomics北京代理,rubicon genomics中国代理,rubicon genomics一级代理,rubicon genomics代理

上海金畔生物科技有限公司rubicon genomics专业代理,具体产品信息欢迎电询:

rubicon genomics是一家私人控股公司,总部位于美国密歇根。rubicon genomics核心竞争力产品包括酶,核酸化学,样品的加工和制造。rubicon genomics致力于创新,知识产权的发展,和持续的产品开发。

 

PicoPLEX DNAseq Kit

 DNA 库制 Illumina  NGS 

 

 

PicoPLEX  IVF 科学检测的 Illumina  NGS 使PicoPLEX DNA-seq  DNA 库制  减少污 应过PicoPLEX DNA-seq  48  48 胞或 DNA6 pg  60 pg NGS 的 有材括双酸储次性使

 

 

 歧义  检测CNV整倍

 流程   DNA 测序

   一试测序有材

 误   DNA 样品

    Illumina NGS 3

 

使用 PICOPLEX DNA-SEQ 细胞 2 片段使 FISH 分析

的结使这是的结片遗漏的一个 着的。』

上海金畔生物科技有限公司

genefirst ATOM-Seq技术概述

 

genefirst一家专注于传染病,癌症诊断和个性化医学的分子诊断公司。我们为研究人员,临床医生和制药公司提供功能强大,易于使用且灵敏的分子诊断解决方案,以准确诊断和提供安全有效的药物。

 

 

genefirst ATOM-Seq技术概述

 

XCeloSeq文库制备产品采用了获得的GeneFirst突破性技术ATOM-Seq®。这种方法使用一种简单而优雅的化学方法来捕获DNA,原始分子充当引物,其3'端通过聚合酶延伸。

使用ATOM-Seq方法,将分子标识符(UMI)和通用衔接子序列直接并入每个原始样品分子的可用3'端。

 
 

样品DNA或cDNA与衔接子模板寡核苷酸结合

DNA分子退火至ATO的3'末端。

ATO反应

动手时间:  5分钟 

孵育时间:70分钟

退火后,聚合酶以ATO序列为模板延伸原始分子。

使用其ATO模板,聚合酶将分子标识符(UMI)和通用引物位点整合到捕获的分子中。

 
 
 
 

线性放大

动手时间:5分钟

 
孵育时间:35分钟

通用引物用于多轮线性扩增,从而改善了误差校正。这也意味着即使线性产物在有义和反义链靶向富集之间进行划分,所有原始副本都可以在下游反应中显示

 
 
 
 
 
 
 

下游协议

方案时间包括所示的所有步骤,从初的ATO反应到终的珠子纯化文库。

 
 
 

靶向cfDNA

协议时间:

总计:5h 40m

动手:1h 20m

输入金额:

推荐:5-50ng

小:1ng

灵敏度:

等位基因频率: ≥0.1 %

 

靶向RNA

协议时间:

总计:7h 20m

动手:1h 55m

输入金额:

推荐:5-200ng

小:1ng

既已知又

未知基因融合

检测:

 

全基因组

协议时间:

总计:4h 45m

动手:2h

输入金额:

推荐:5-50ng

小:1ng

 
 
ATOM-Seq的主要优势

这种*的方法无需连接,并且通过仅需一个靶标特异性引物进行富集即可与传统的基于PCR的方法区分开。这提供了许多优势,使XCeloSeq特别适合于挑战性临床材料,例如液体活检或FFPE保留的RNA中的无细胞DNA(cfDNA)。

绿色的勾表示技术可以实现的方面。
绿色条表示技术效率低下的方面。
红叉表示该技术不能或不能做到的方面。

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

产品说明书

FAQ

COA

已发表文献

产品简介

Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台研发的用于ATAC-Seq实验的文库构建试剂盒,适用于100-100,000个细胞起始量的样本建库。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技术能够利用Tn5 转座酶识别染色质开放区域,快速有效的反映表观遗传状态。经过细胞收集及裂解、转座酶片段化、磁珠回收片段化DNA、文库扩增和磁珠分选等步骤,DNA片段最终转化为适用于Illumina®平台测序的文库。

本试剂盒包含两个独立模块:BOX-I和BOX-II。BOX-I为提取DNA的DNA Extract Beads和回收文库的DNA Clean Beads,BOX-II包含细胞裂解、片段化以及后续文库扩增所需的所有试剂。此外,本试剂盒已在不同种类样本(如K562、MCF-7细胞,小鼠肝脏等)中进行了验证,均具有良好的建库效率和建库产量。本试剂盒提供的所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,最大程度上保证了文库的稳定性和重复性。

产品信息

货号

12208ES04 / 12208ES12 / 12208ES48

规格

4 T / 12 T / 48 T

组分信息

组分编号

组分名称

12208ES04

12208ES12

12208ES48

BOX I

12208A

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Wash Buffer

266 μL

798 μL

3192 μL

12208B

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Terminate Solution

20 μL

60 μL

240 μL

12208C

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

DNA Extract Beads

520 μL

1560 μL

6.24 mL

12208D

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

DNA Clean Beads

310 μL

930 μL

3.72 mL

BOX II

12208E

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Suspension Buffer

194 μL

582 μL

2.328 mL

12208F

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

1 % Digitonin

4 μL

12 μL

48 μL

12208G

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

10% Tween-20

4 μL

12 μL

48 μL

12208H

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

10% NP40

2 μL

6 μL

24 μL

12208I

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Reaction Buffer

100 μL

300 μL

1.2 mL

12208J

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Transposome Mix

8 μL

24 μL

96 μL

12208K

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Canace® Pro Amplification Mix

100 μL

300 μL

1.2 mL

12208L

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

N5 (N501)*

4 μL

12208M

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

N7 (N701)*

4 μL

注意:*测序时Index序列N501-ATAGAGAGN701-TAAGGCGA
储存条件

BOX-I:2~8℃保存,BOX-II:-25~-15℃保存,切不可弄错!有效期1年。

使用说明

一、细胞准备

1. 在室温条件下收集细胞并计数,死亡的细胞染色质松散,暴露出大量的裸DNA,这些DNA更容易被转座酶复合物识别转座,随机切割会造成比较强的噪音信号,建议样本细胞活性不低于90% (细胞活性可以用台盼蓝染色来鉴定)。

2. 贴壁较紧的细胞如Hela细胞等可用Accutase或者Trypsin部分消化获得。

3. 植物或真菌细胞可通过特殊处理获得原生质体或细胞核进行实验,方法可参考附录三。

4. 新鲜或者冻存的动物组织可通过特殊处理获得细胞/细胞核悬液进行实验,方法可参考附录四。

二、操作流程

 

1  ATAC-seq试剂盒原理

ATAC-seq技术是通过转座酶识别开放染色质,转座时将转座子两端的接头序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的两端,形成一端带有Adapter 1,一端带有Adapter 2的DNA,之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物扩增,产物经纯化和分选后即为可测序文库。对文库进行测序后的数据分析即可得到开放染色质区域的全基因组图谱。

9. 将PCR管短暂离心,置于磁力架上分离磁珠和液体,待溶液澄清后(约3-5 min),小心转移20 μL上清至新的EP管中,于-20℃保存。

3文库质量控制

通常情况下,对构建好的文库进行浓度和长度分布检测,具体请参见注意事项,主要包括:

a. 浓度检测:用Qubit对文库的浓度进行检测。

b. 质量检测:用Qsep或者安捷伦2100检测文库片段分布。

 

2 ATAC文库Agilent 2100检测结果

转座酶切割核小体时,ATAC文库需要有明显的核小体模型分布,ATAC文库第一个文库分布在170-200bp左右,为核小体Free模型;后面出现的第二个峰为一个核小体模型,可能会出现两个核小体模型。如果酶量相对细胞过量,则文库可能只有核小体Free模型,即只有一个主峰。

QATAC文库产量低的原因?

A1. 细胞核投入量少或实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后弃去上清液时容易造成丢失在离心时,统一EP管方向并标记细胞沉积位置,弃上清时避免碰到沉淀,在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡2. 转座酶切割不充分,这种原因有很多,首选需要确认细胞核的纯度,如果杂质较多,可能影响转座酶的效果,提取细胞核时尽量多清洗几遍,以获得纯净的细胞核。

QTSS富集程度不好是什么原因?如何增加?

ATSS富集效果不好通常是由于实验样本细胞活性不好或游离DNA较多可对细胞或细胞核进行镜检确认细胞或细胞核完整性。

QATAC文库中的线粒体reads较多,如何减少?

A通常是由于细胞核提取过程中,细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清同时注意不要影响到细胞核完整性。或者可以多清洗几遍,提升细胞核的纯度

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

暂无内容

产品简介

Hieff NGS® ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina®是针对Illumina®高通量测序平台研发的用于ATAC-Seq实验的文库构建试剂盒,适用于100-100,000个细胞起始量的样本建库。ATAC-Seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)技术能够利用Tn5 转座酶识别染色质开放区域,快速有效的反映表观遗传状态。经过细胞收集及裂解、转座酶片段化、磁珠回收片段化DNA、文库扩增和磁珠分选等步骤,DNA片段最终转化为适用于Illumina®平台测序的文库。

本试剂盒包含两个独立模块:BOX-I和BOX-II。BOX-I为提取DNA的DNA Extract Beads和回收文库的DNA Clean Beads,BOX-II包含细胞裂解、片段化以及后续文库扩增所需的所有试剂。此外,本试剂盒已在不同种类样本(如K562、MCF-7细胞,小鼠肝脏等)中进行了验证,均具有良好的建库效率和建库产量。本试剂盒提供的所有试剂都经过严格的质量控制和功能验证,最大程度上保证了文库的稳定性和重复性。

产品信息

货号

12208ES04 / 12208ES12 / 12208ES48

规格

4 T / 12 T / 48 T

组分信息

组分编号

组分名称

12208ES04

12208ES12

12208ES48

BOX I

12208A

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Wash Buffer

266 μL

798 μL

3192 μL

12208B

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Terminate Solution

20 μL

60 μL

240 μL

12208C

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

DNA Extract Beads

520 μL

1560 μL

6.24 mL

12208D

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

DNA Clean Beads

310 μL

930 μL

3.72 mL

BOX II

12208E

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Suspension Buffer

194 μL

582 μL

2.328 mL

12208F

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

1 % Digitonin

4 μL

12 μL

48 μL

12208G

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

10% Tween-20

4 μL

12 μL

48 μL

12208H

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

10% NP40

2 μL

6 μL

24 μL

12208I

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Reaction Buffer

100 μL

300 μL

1.2 mL

12208J

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Transposome Mix

8 μL

24 μL

96 μL

12208K

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

Canace® Pro Amplification Mix

100 μL

300 μL

1.2 mL

12208L

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

N5 (N501)*

4 μL

12208M

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

N7 (N701)*

4 μL

注意:*测序时Index序列N501-ATAGAGAGN701-TAAGGCGA
储存条件

BOX-I:2~8℃保存,BOX-II:-25~-15℃保存,切不可弄错!有效期1年。

使用说明

一、细胞准备

1. 在室温条件下收集细胞并计数,死亡的细胞染色质松散,暴露出大量的裸DNA,这些DNA更容易被转座酶复合物识别转座,随机切割会造成比较强的噪音信号,建议样本细胞活性不低于90% (细胞活性可以用台盼蓝染色来鉴定)。

2. 贴壁较紧的细胞如Hela细胞等可用Accutase或者Trypsin部分消化获得。

3. 植物或真菌细胞可通过特殊处理获得原生质体或细胞核进行实验,方法可参考附录三。

4. 新鲜或者冻存的动物组织可通过特殊处理获得细胞/细胞核悬液进行实验,方法可参考附录四。

二、操作流程

 

1  ATAC-seq试剂盒原理

ATAC-seq技术是通过转座酶识别开放染色质,转座时将转座子两端的接头序列Adapter 1和Adapter 2插入靶DNA的两端,形成一端带有Adapter 1,一端带有Adapter 2的DNA,之后利用DNA聚合酶将转座形成的切口补齐。这种产物经N5 (N5XX)和N7 (N7XX)引物扩增,产物经纯化和分选后即为可测序文库。对文库进行测序后的数据分析即可得到开放染色质区域的全基因组图谱。

9. 将PCR管短暂离心,置于磁力架上分离磁珠和液体,待溶液澄清后(约3-5 min),小心转移20 μL上清至新的EP管中,于-20℃保存。

3文库质量控制

通常情况下,对构建好的文库进行浓度和长度分布检测,具体请参见注意事项,主要包括:

a. 浓度检测:用Qubit对文库的浓度进行检测。

b. 质量检测:用Qsep或者安捷伦2100检测文库片段分布。

 

2 ATAC文库Agilent 2100检测结果

转座酶切割核小体时,ATAC文库需要有明显的核小体模型分布,ATAC文库第一个文库分布在170-200bp左右,为核小体Free模型;后面出现的第二个峰为一个核小体模型,可能会出现两个核小体模型。如果酶量相对细胞过量,则文库可能只有核小体Free模型,即只有一个主峰。

QATAC文库产量低的原因?

A1. 细胞核投入量少或实验过程中细胞核部分丢失。细胞核离心后弃去上清液时容易造成丢失在离心时,统一EP管方向并标记细胞沉积位置,弃上清时避免碰到沉淀,在实验操作过程中避免剧烈涡旋振荡2. 转座酶切割不充分,这种原因有很多,首选需要确认细胞核的纯度,如果杂质较多,可能影响转座酶的效果,提取细胞核时尽量多清洗几遍,以获得纯净的细胞核。

QTSS富集程度不好是什么原因?如何增加?

ATSS富集效果不好通常是由于实验样本细胞活性不好或游离DNA较多可对细胞或细胞核进行镜检确认细胞或细胞核完整性。

QATAC文库中的线粒体reads较多,如何减少?

A通常是由于细胞核提取过程中,细胞漂洗时未能吸出所有的上清液(其中包含mtDNA)。应吸尽上清同时注意不要影响到细胞核完整性。或者可以多清洗几遍,提升细胞核的纯度

ATAC-Seq实验文库构建试剂盒 ATAC-Seq Library Prep Kit

暂无内容