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图解blast验证引物教程
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图解blast验证引物教程
——以文献报道的人类的ABCG2的引物为例
1、 进入网页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2、 点击Basic BLAST中的nucleotide blast选项
3、 完成2操作后就进入了Basic Local Alignment Search Tool界面
（1）在Enter Query Sequence栏中输入引物序列：
注：文献报道ABCG2的引物为5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;
5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3’
简便的做法是同时输入上下游引物。输入上下游引物系列都从5’— 3’。 输入上游引物后，加上≥20个字母n，再输入下游引物，如下图：
（2）在Choose Search Set栏中：
Database根据预操作基因的种属定了，本引物可选Human genomic + transcript或Others （nr etc.）。本人倾向于选后者，觉得此库信息更多。如下图：
（3）在Program Selection中：选择Somewhat similar sequences （blastn）项，如下图：
（4）在此界面zui下面：如下图
Show results in a new window项是显示界面的形式，可选可不选，在此我们选上了。关键要点击Algorithm parameters参数设置，进入参数设置界面。
4. 参数设置：
（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望阈值须改为1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框将数字改为7。如下图：
（2）Scoring Parameters无须修改
（3）Filters and Masking中，一般来说也没有必要改
5．点击zui下面一栏的BLAST按钮，如图：
6.点击BLAST按钮后，跳转出现如下界面：
7. 等待若干秒之后，自动跳转出现显示BLAST结果的网页。该网页用三种形式来显示blast的结果。
（1）图形格式：