nanostring乳腺癌360面板说明书
nCounter® Breast Cancer 360™ Panel
nCounter®乳腺癌360™面板
nCounter乳腺癌360面板和数据分析服务为乳腺肿瘤微环境和免疫反应提供*的360度基因表达视图。现在，研究人员可以更快速地解码乳腺癌生物学的复杂性，开发新的乳腺癌基因特征，并使用33个生物特征分类疾病异质性，包括基于经验证的PAM50和肿瘤炎症特征* （TIS）测定的特征。
产品亮点：
- 专业策划，全面的内容包括23个关键乳腺癌通路和过程的776个基因
- 更新了与CDK4 / 6疗法密切相关的5个其他基因（CDK4，CETN2，ERCC1，NEIL2和PMS2）
- 乳腺癌亚型的扩展评估包括：PAM50签名，三阴性乳腺癌签名和Claudin-Low Signature
- 简化分析，可根据经验证的PAM50和肿瘤炎症特征获得两个特征，31个*特征在乳腺癌和免疫肿瘤学中具有明确的作用
- 易于使用的nCounter系统可在24小时内提供出版准备数据，但手动操作时间不到30分钟
*艾尔斯，马克，等。“IFN-γ相关mRNA谱可预测对PD-1阻断的临床反应。” 临床调查杂志 127.8（2017）。
乳腺癌360生物特征
| 乳腺癌分型 | 乳腺癌受体信号 | 肿瘤反应 | 肿瘤调节 | 抑制性肿瘤机制 | 基质因素 | 抑制性代谢 | 抗肿瘤免疫活性 | 抑制性免疫信号 | 免疫细胞群体丰度 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PAM50分子量型 | ESR1基因表达 | 抗原加工机械 | 细胞凋亡 | IDO1基因表达 | 内皮细胞 | 缺氧 | 肿瘤炎症特征（TIS） | 炎性趋化因子 | 细胞毒性细胞丰度 |
| Claudin-Low Subtyping | PGR基因表达 | HRD | 增殖 | PD-L1基因表达 | 基础丰富 | 细胞毒性 | CD8 + T Cell Abundance | ||
| 三阴性乳腺癌亚型 | ERBB2基因表达 | BRCA | 区别 | 干扰素伽玛信号 | TIGIT基因表达 | 巨噬细胞丰度 | |||
| 雌激素受体信号 | P53 | FOXA1基因表达 | MHC II类抗原介绍 | 肥大细胞丰富 | |||||
| Treg Abundance |
研究签名
| 乳腺癌分型 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| Claudin-Low Subtype Signature5 | 该分子亚型的特征在于低水平的腔分化标志物，上皮 – 间充质转换标志物的高富集，免疫应答和癌症干细胞样基因。 | ||||
| 三阴性乳腺癌签名6 | 该特征鉴定了四种不同的TNBC亚型：Luminal / AR亚型1，其特征在于AR，ER，催乳素和ErbB4信号传导; 间充质亚型2，其特征在于细胞周期，错配修复和DNA损伤网络; 基底样免疫抑制亚型3，其特征在于B，T和NK细胞的免疫调节和细胞因子途径的下调; 基底样免疫激活的亚型4，其特征在于B，T和NK细胞免疫调节途径的上调和STAT的激活。 | ||||
| 肿瘤反应 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| 乳腺癌p53签名7 | 该标记将p53状态分类为突变型和野生型，并且该特征与乳腺癌的总体存活率显着相关，确定具有高度未满足需求的组。 | ||||
| BRCAness签名8 | 该特征捕获了乳腺癌生物学代表，该信息对DNA损伤修复基因BRCA1和BRCA2的缺陷提供了信息。与我们的同源重组缺陷特征相似，这可以捕获与BRCA相关的DNA损伤修复的分解。 | ||||
| HRD签名9 | 该特征用于在功能上评估同源重组修复状态，具有预测对DNA损伤修复抑制剂如PARP抑制剂的敏感性的潜力。该标记捕获细胞周期调节，DNA损伤，DNA复制和DNA重组和修复途径。 | ||||
| 差异化签名 | 该签名为样本分配差异分数。与低分化肿瘤相比，表达上与正常细胞或组织更相似的分化良好的肿瘤将以缓慢的额定生长和扩散，这些肿瘤通常以快速生长的异常细胞存在。 | ||||
| 乳腺癌受体信号 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| ER信号 | 雌激素结合系统与指导细胞周期信号传导，增殖和存活的各种蛋白质相关。该特征捕获ER介导的信号传导途径，以阐明ER如何通过稳定DNA-蛋白质复合物和募集共激活因子来调节关键转录因子的活性。该特征还捕获了由核中雌激素结合诱导的其他信号传导途径的影响，从而引起受体的构象变化。 | ||||
| ESR1 | 该基因编码雌激素受体，一种配体激活的转录因子，由对激素结合，DNA结合和转录激活很重要的几个结构域组成。相关的ER蛋白是乳腺癌的关键病理标志物。 | ||||
| PGR | 该基因编码类固醇受体超家族的成员。编码的蛋白质介导黄体酉同的生理作用，黄体酉同在生殖事件中起重要作用，并且相关蛋白质是乳腺癌的关键病理标志物。 | ||||
| ERBB2 | 该基因编码受体酪氨酸激酶的EGF受体家族的成员。该蛋白质本身没有配体结合结构域，因此不能结合生长因子。然而，它确实与其他配体结合的EGF受体家族成员紧密结合以形成异二聚体，稳定配体结合并增强激酶介导的下游信号传导途径的激活。在乳腺癌中已经很好地建立了扩增和过表达，并且相关蛋白是关键的病理标志物。 | ||||
| 新颖的免疫特征 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 增殖 | 内皮 | 血管生成 | 细胞毒性 | 基质 | 炎性趋化因子 | 细胞凋亡 |
| 调节性T细胞 | 缺氧 | INF伽玛 | FOXA1 | APM | IDO1 | |
| MHC2 | PDL1 | TIGIT | CD8 T细胞 | 细胞毒性细胞 | 肥大细胞 | 巨噬细胞 |
| 细胞毒性细胞 | ||||||
乳腺癌360途径和过程
包括23种乳腺癌肿瘤生物学专家策划的776个基因，以支持对途径和过程的评估，以及新的特征发展。
| 途径 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| 细胞周期 | ER信号 | 染色质修饰 | 猬 | MAPK | Wnt信号 |
| 缺口 | STAT | PI3K | TGFβ | RAS | |
| 流程 | ||
|---|---|---|
| 瘤 | 微环境 | 免疫的 |
| 乳腺癌亚型 | 癌症进展EMT | 免疫细胞标记 |
| 三重阴性肿瘤生物学 | 微环境组织标记 | 免疫渗透 |
| 肿瘤代谢 | 癌症进展 | 免疫反应 |
| 肿瘤增殖 | 血管生成 | |
| 肿瘤抑制 | ||
PAM50和TIS签名
乳腺癌360小组中包含的内容允许更全面地测量对肿瘤进展和对广泛治疗的反应至关重要的生物学变量。研究特征富含潜在的预测基因，涉及增殖，内皮细胞，血管生成，细胞毒性，基质，炎症趋化因子和细胞凋亡。
- 33个签名，包括两个经过分析验证的签名-PAM50 1,2和Tumor Inflammation Signature 3
- 7个研究重点是签名和17个新的特征，用于测量重要的肿瘤和免疫活动
- 适应于解码乳腺癌生物学
经过分析验证的签名
PAM50签名1,2
PAM50签名包括乳腺癌360面板。该50基因特征测量基因表达谱，其允许将乳腺癌分类为四种生物学上不同的亚型和预后评分。
- PAM50子类型
- Luminal A.
- Luminal B
- HER2富集
- 基底细胞样
- Prosigna评分/复发风险
肿瘤炎症征兆3
肿瘤炎症特征包括乳腺癌360小组。这种18基因特征测量活动已知与PD-1 / PD-L1抑制剂途径阻断3的反应有关。
- 包括4个免疫生物学领域，用于确定外周抑制的免疫反应和“热”或“冷”肿瘤的鉴定
- 抗原呈递细胞
- T细胞/ NK存在
- IFNγ生物学
- T细胞衰竭
- 组织来源不可知（泛癌）
- 研究环境中PD-L1和突变负荷的潜在替代指标4
| 18基因肿瘤炎症特征 | |||||
|---|---|---|---|---|---|
| CCL5 | CD8A | STAT1 | PD-L2 / PDCD1LG2 | HLA-DQA1 | HLA-DRB1 |
| CXCL9 | CXCR6 | TIGIT | PD-L1 / CD274 | HLA-E | CMKLR1 |
| CD27 | IDO1 | LAG-3 | CD276 | PSMB10 | NKG7 |
产品规格
| 特征 | 产品规格 |
| 目标数量 | 776（人类），包括内部参考基因 |
| 样品输入 – 标准（无需扩增） | 50 – 300 ng |
| 样本输入 – 低输入 | 使用nCounter RNA低输入试剂盒和Panel特异性引物池（单独出售）仅需10 ng |
| 乳腺癌360面板标准 | 对应于用于标准化的所有组基因靶标的合成寡核苷酸库 |
| 样品类型 | FFPE衍生的RNA，总RNA和细胞裂解物 |
| 定制 | 使用Panel-Plus添加多达30种*基因 |
| 结果的时间 | 大约24小时 |
| 数据分析 | nSolver分析软件，BC 360数据分析服务 |
出版物
1. Walden B，Storhoff J，Nielsen T，et al。开发和验证基于PAM50的Prosigna乳腺癌基因特征分析。BMC Med Genomics。2015; 8：54
2. Perou CM，SørlieT，Eisen MB，et al。人乳腺肿瘤的分子肖像。性质。2000; 406（6797）：747-52.2
艾尔斯，马克，等。“IFN-γ相关mRNA谱预测临床对PD-1阻断的反应。”临床研究杂志127.8（2017）
4. Haddad R.，摘要6009，ASCO 2017
5. Prat A，Parker JS，Karginova O，et al。乳酸癌的claudin低内在亚型的表型和分子特征。乳腺癌Res。2010; 12（5）：R68
6. Burstein MD，Tsimelzon A，Poage GM，et al。全面的基因组分析确定了三阴性乳腺癌的新亚型和靶点。Clin Cancer Res。2015; 21（7）：1688至1698年
7. Troester MA，Herschkowitz JI，Oh DS，et al。与乳腺癌p53状态相关的基因表达模式。BMC巨蟹座。2006; 6：276
8. Severson TM，Wolf DM，Yau C，et al。在I-SPY 2随机化新辅助治疗中，BRCA1ness特征与PARP抑制剂治疗对对照的反应显着相关。乳腺癌Res。2017; 19（1）：99。
9.彭庚，林春仁，莫文，等。全基因组同源重组DNA修复的转录组分析。Nat Commun。2014; 5：3361