拭子和体液含有来自宿主人类或动物细胞以及微生物细胞的DNA。在宏基因组学研究中，对总DNA进行了标准分离和分析，但是宿主人或动物的DNA远远超过了微生物DNA，这会妨碍微生物组分析。实际上，人类微生物组计划对不同样本类型的整个元基因组shot弹枪测序的一个关键发现是，多达99％的测序读数对应于人类基因组，因此多1％具有微生物性质。与16S rDNA测序相反，整个元基因组shot弹枪测序可以为微生物组研究增加有价值的见解，例如毒力因子，抗生素抗性或代谢网络的存在。因此，大程度地覆盖微生物读数可大大提高分析能力。
去除宿主DNA可以增加测序实验中微生物读数的覆盖率。QIAamp DNA微生物组试剂盒通过宿主细胞的差异裂解和随后的宿主DNA的酶切消化，有效地去除了宿主DNA。然后，通过机械和化学裂解的组合，完整的细胞被有效裂解，释放的细菌DNA使用成熟的QIAamp化学试剂和去污染的QIAamp UCP离心柱进行纯化（请参见去除宿主DNA的纯化程序）。

在整个基因组shot弹枪测序实验中提高细菌DNA的分辨率
 

在整个元基因组shot弹枪测序实验中，归因于宿主基因组的读段所占的百分比很高，即使使用复杂的生物信息学工具，正确组装微生物数据集也既耗时又耗费资源。通过去除样品中的宿主DNA，QIAamp DNA微生物组试剂盒为样品提供了丰富的细菌成分，可用于整个元基因组shot弹枪测序。对从人颊拭子分离的DNA进行了完整的基因组shot弹枪测序实验的读数比较，在该样品中使用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他2家供应商的溶液制备了样品。使用QIAamp DNA微生物组试剂盒制备的样品测序导致的人类读数少于5％，与不包括去除宿主DNA的试剂盒的读数超过90％和使用试剂盒的35％相比，读数大大降低。在第二个实验中，样品中掺入了已知的培养细菌。与未去除宿主DNA的溶液相比，细菌DNA的回收率更高。有效去除宿主DNA可增强整个基因组gen弹枪的测序结果（）。

改进的16S rDNA测序扩增

16S rDNA测序通常用于确定相对微生物群落组成。与其他3种纯化试剂盒相比，QIAamp DNA微生物组试剂盒可有效地扩增从口腔拭子纯化的DNA的V4区（请参见图16S rDNA的高效扩增和测序）。用QIAamp DNA微生物组试剂盒纯化的2个样品中扩增的V4区的测序结果也显示了代表人类口腔微生物组的预期细菌组成。

优化的细胞裂解可大程度地减少样品制备的偏差

。细胞壁形态的差异使微生物对不同的裂解方法具有不同的敏感性。例如，具有丰富的脂质和多糖的细胞壁厚的细菌在通过酶促裂解制备的样品中往往代表性不足。结果是，任何一种裂解方法都会在微生物组的表示形式和相对组成中引入偏差。QIAamp DNA微生物组试剂盒结合了化学裂解法和机械裂解法，并进行了优化，以大程度减少样品制备过程中引入的偏差。此外，QIAamp DNA微生物组试剂盒中提供的超净生产（UCP）旋转柱经过专有的清洁工艺，可大程度地减少污染的风险。
为了检查样品制备的偏倚，从培养物中创建了具有已知数量的6种不同细菌的菌落形成单位（CFU）的模型微生物组。使用QIAamp DNA微生物组试剂盒或其他试剂盒准备了模型微生物组的样品进行测序。与使用的所有其他方法相比，使用QIAamp DNA微生物组试剂盒处理的样品表现出了模型微生物组组成的佳整体表现（请参见最小样品制备偏差）。
 

QIAamp DNA微生物组试剂盒可从混合样品中纯化和富集细菌微生物组DNA，用于敏感的下游应用，例如：

• 全基因组测序分析
• 高度灵敏的基于16S rDNA的微生物组分析
• 元基因组shot弹枪测序研究