OnePot快速片段化/末端修复/A尾添加模块|OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent
产品说明书
FAQ
COA
已发表文献
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent是针对Illumina®与MGI®高通量测序平台设计的新一代酶切法建库试剂。本品采用高质量的片段化酶，摆脱了繁琐的超声过程，同时简化了操作流程，将片段化模块与末端修复/加A模块合二为一，极大的降低了建库的时间和成本。可应用于500 pg-1 μg常规动植物基因组、微生物基因组等样本，在单管内实现DNA的片段化、末端修复和A尾添加反应。反应产物无需纯化，即可使用Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Ligation Module（Cat#12607）或Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）进行文库构建中接头连接反应。
产品组分
|
组分编号 |
组分名称 |
24 T |
96 T |
|
12619-A |
Smearase® Buffer |
240 μL |
960 μL |
|
12619-B |
Smearase® Enzyme |
120 μL |
480 μL |
运输与保存方法
干冰运输。-25~-15℃保存，有效期18个月。
注意事项
1. 本试剂盒兼容范围为500 pg – 1 μg Input DNA。应尽可能使用A260/A280 = 1.8-2.0的高质量Input DNA。
2. 若Input DNA中引入高浓度金属离子螯合剂或其他盐，可能会影响后续实验，建议将DNA稀释在TE（10 mM Tris-HCl ,1 mM EDTA，pH 8.0）中进行片段化。
表1 常规基因组DNA片段化时间选择表
|
插入片段主峰大小 |
片段化时间 |
优化范围 |
|
600 bp |
8 min |
6-12 min |
|
350 bp |
10 min |
8-14 min |
|
250 bp |
12 min |
10-15 min |
|
200 bp |
15 min |
13-18 min |
|
150 bp |
20 min |
15-25 min |
表2 FFPE DNA片段化时间选择表
|
插入片段主峰大小 |
片段化时间 |
DIN* |
|
250 bp |
9-13 min |
> 8.0 |
|
250 bp |
8-11 min |
6.5-8.0 |
|
250 bp |
4-8 min |
4.2-6.5 |
|
250 bp |
3-6 min |
2.5-4.2 |
【注】：*DIN为DNA Integrity Number，是用Agilent 2200来定义FFPE DNA降解程度的一种方法。
3. 对于常规的高质量基因组DNA，酶切时间参考表1，本试剂盒片段化偏好低，耐受各种GC含量的模板。对于不同降解程度的FFPE样本，酶切时间参考表2。以上为推荐时间，需客户在自己的实验体系中进行微调，以达到最佳效果。
4. 参照片段化步骤推荐条件可将DNA酶切为所需大小，为保证优质稳定的片段化效果，片段化过程请于冰上操作。
5. 为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
使用方法
DNA片段化/末端修复/dA尾添加（DNA Fragment/End Preparation/dA-Tailing）
该步骤将基因组DNA片段化，同时进行末端修复及dA尾添加。
1. 将表3中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上配制表3反应体系。
表3 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应体系
|
名称 |
体积（μL） |
|
Input DNA |
x |
|
Smearase® Buffer |
10 |
|
Smearase® Enzyme |
5 |
|
TE |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表4所示反应程序，进行DNA片段化，末端修复及dA尾添加反应。
表4 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应程序
|
温度 |
时间 |
|
热盖105°C |
On |
|
4 °C |
1 min* |
|
30 °C |
3-20 min** |
|
65 °C |
20 min |
|
4 °C |
Hold |
【注】：*DNA片段化过程为有效控制片段化效果，避免过度酶切，反应程序可预先设置4℃，待模块温度降至4℃时，将PCR管放入PCR仪即可。**对于完整的基因组DNA，酶切时间参考表1，Input DNA 500-1000 ng，可根据具体需求，适当延长酶切时间2-4 min左右；对于质量不一的FFPE DNA样本，酶切时间参考表2。
5. 产物如需纯化，可使用Hieff NGS® DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效产品。也可以直接驳接Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）或Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module（Cat#12607）试剂盒，进行接头连接。详细说明请见后者的说明书。
参考实例
使用Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent对200 ng Human gDNA (NA12878) 样本进行酶切建库检测，片段化结果见图1。
图1 OnePot Pro DNA建库试剂盒酶切200 ng Human gDNA样本（不同酶切时间片段化效果检测）
HB230215
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent是针对Illumina®与MGI®高通量测序平台设计的新一代酶切法建库试剂。本品采用高质量的片段化酶，摆脱了繁琐的超声过程，同时简化了操作流程，将片段化模块与末端修复/加A模块合二为一，极大的降低了建库的时间和成本。可应用于500 pg-1 μg常规动植物基因组、微生物基因组等样本，在单管内实现DNA的片段化、末端修复和A尾添加反应。反应产物无需纯化，即可使用Hieff NGS® Fast-PaceTM DNA Ligation Module（Cat#12607）或Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）进行文库构建中接头连接反应。
产品组分
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组分编号 |
组分名称 |
24 T |
96 T |
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12619-A |
Smearase® Buffer |
240 μL |
960 μL |
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12619-B |
Smearase® Enzyme |
120 μL |
480 μL |
运输与保存方法
干冰运输。-25~-15℃保存，有效期18个月。
注意事项
1. 本试剂盒兼容范围为500 pg – 1 μg Input DNA。应尽可能使用A260/A280 = 1.8-2.0的高质量Input DNA。
2. 若Input DNA中引入高浓度金属离子螯合剂或其他盐，可能会影响后续实验，建议将DNA稀释在TE（10 mM Tris-HCl ,1 mM EDTA，pH 8.0）中进行片段化。
表1 常规基因组DNA片段化时间选择表
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插入片段主峰大小 |
片段化时间 |
优化范围 |
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600 bp |
8 min |
6-12 min |
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350 bp |
10 min |
8-14 min |
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250 bp |
12 min |
10-15 min |
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200 bp |
15 min |
13-18 min |
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150 bp |
20 min |
15-25 min |
表2 FFPE DNA片段化时间选择表
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插入片段主峰大小 |
片段化时间 |
DIN* |
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250 bp |
9-13 min |
> 8.0 |
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250 bp |
8-11 min |
6.5-8.0 |
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250 bp |
4-8 min |
4.2-6.5 |
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250 bp |
3-6 min |
2.5-4.2 |
【注】：*DIN为DNA Integrity Number，是用Agilent 2200来定义FFPE DNA降解程度的一种方法。
3. 对于常规的高质量基因组DNA，酶切时间参考表1，本试剂盒片段化偏好低，耐受各种GC含量的模板。对于不同降解程度的FFPE样本，酶切时间参考表2。以上为推荐时间，需客户在自己的实验体系中进行微调，以达到最佳效果。
4. 参照片段化步骤推荐条件可将DNA酶切为所需大小，为保证优质稳定的片段化效果，片段化过程请于冰上操作。
5. 为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
使用方法
DNA片段化/末端修复/dA尾添加（DNA Fragment/End Preparation/dA-Tailing）
该步骤将基因组DNA片段化，同时进行末端修复及dA尾添加。
1. 将表3中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上配制表3反应体系。
表3 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应体系
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名称 |
体积（μL） |
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Input DNA |
x |
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Smearase® Buffer |
10 |
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Smearase® Enzyme |
5 |
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TE |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表4所示反应程序，进行DNA片段化，末端修复及dA尾添加反应。
表4 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 PCR反应程序
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温度 |
时间 |
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热盖105°C |
On |
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4 °C |
1 min* |
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30 °C |
3-20 min** |
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65 °C |
20 min |
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4 °C |
Hold |
【注】：*DNA片段化过程为有效控制片段化效果，避免过度酶切，反应程序可预先设置4℃，待模块温度降至4℃时，将PCR管放入PCR仪即可。**对于完整的基因组DNA，酶切时间参考表1，Input DNA 500-1000 ng，可根据具体需求，适当延长酶切时间2-4 min左右；对于质量不一的FFPE DNA样本，酶切时间参考表2。
5. 产物如需纯化，可使用Hieff NGS® DNA Selection Beads（Cat#12601）或AMPure XP Beads（Cat#A63880）或其他等效产品。也可以直接驳接Hieff NGS® Novel DNA Ligation Module（Cat#12626）或Hieff NGS® Fast-Pace DNA Ligation Module（Cat#12607）试剂盒，进行接头连接。详细说明请见后者的说明书。
参考实例
使用Hieff NGS® OnePot Pro DNA Fragmentation Reagent对200 ng Human gDNA (NA12878) 样本进行酶切建库检测，片段化结果见图1。
图1 OnePot Pro DNA建库试剂盒酶切200 ng Human gDNA样本（不同酶切时间片段化效果检测）
HB230215
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