石蜡包埋DNA样本修复试剂 NGS建库模块|FFPE DNA Repair Reagent
产品说明书
FAQ
COA
已发表文献
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent是针对FFPE样本而设计的修复试剂，可修复低质量FFPE样本不同程度的损伤，提高文库产量及测序质量。本产品可直接用于Yeasen Hieff NGS®建库试剂盒（Cat#12201/Cat#12197/Cat#12199）及末端加A模块（Cat#12608），体系兼容，可修复5 ng – 1 μg Fragmented FFPE DNA。此外，本产品也适用于Yeasen片段化酶法建库试剂盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12204）。
产品组分
|
组分编号 |
组分名称 |
24 T |
96 T |
|
12606-A |
FFPE DNA Repair Mix |
96 μL |
384 μL |
|
12606-B |
Endprep Buffer 2.0 |
144 μL |
576 μL |
运输与保存方法
冰袋运输。-20℃保存，有效期1年。
注意事项
1）为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
2）请于使用前将试剂盒各组分置于冰上解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀，短暂离心后置于冰上待用。
3）配制各步骤反应液时推荐使用移液器吹打混匀或轻轻振荡，剧烈振荡可能会造成文库产出下降。
4）为避免样品交叉污染，推荐使用带滤芯的枪头，吸取不同样品时请更换枪头。
5）推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应，使用前应预热PCR仪至反应温度附近。
6）本产品仅用作科研用途！
使用方法
单独使用
1. 将表1中试剂置于冰上解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表1所示反应体系。
表1 FFPE DNA Repair反应体系
|
名称 |
体积（μL） |
|
FFPE DNA（5 ng – 1 μg） |
x |
|
Endprep Buffer 2.0 |
6 |
|
FFPE DNA Repair Mix |
4 |
|
ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表2所示反应程序，进行FFPE DNA Repair反应。
表2 FFPE DNA Repair反应程序
|
温度 |
时间 |
|
热盖105°C |
On |
|
30°C |
20 min |
|
72 °C |
20 min |
|
4°C |
Hold |
5. 如果后续搭配除翌圣以外的建库试剂盒，不确定组分是否兼容的情况下，建议反应完成后使用磁珠进行纯化后再进行下一步反应或咨询翌圣技术支持。
搭配Cat#12197使用
1. 将表3中试剂置于冰上解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表3所示反应体系。
表3 FFPE DNA Repair及末端加A反应体系
|
名称 |
体积（μL） |
|
FFPE DNA（5 ng – 1 μg） |
x |
|
Endprep Buffer 2.0 |
6 |
|
Endprep Enzyme 2.0 |
4 |
|
FFPE DNA Repair Mix |
4 |
|
ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表4所示反应程序，进行FFPE DNA Repair及末端加A反应。
表4 FFPE DNA Repair及末端加A反应程序
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温度 |
时间 |
|
热盖105°C |
On |
|
30°C |
20 min |
|
72 °C |
20 min |
|
4°C |
Hold |
5. FFPE DNA修复及末端修复/dA尾添加 (End Repair/dA-Taling)完成后可接Cat#12197 Hieff NGS® Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina® V2 全能型DNA建库试剂盒V2，按照说明书进行接头连接。
搭配Cat#12608使用
1. 将表5中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表5所示反应体系。
表5 FFPE DNA Repair及末端加A反应体系
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名称 |
体积（μL） |
|
FFPE DNA |
x |
|
End Repair/dA-Tailing Enzyme |
4 |
|
End Repair/dA-Tailing Buffer |
6 |
|
FFPE DNA Repair Mix |
4 |
|
ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表6所示反应程序，进行FFPE DNA Repair及末端加A反应。
表6 FFPE DNA Repair及末端加A反应程序
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温度 |
时间 |
|
热盖105°C |
On |
|
30°C |
20 min |
|
72℃ |
20 min |
|
4°C |
Hold |
5. FFPE DNA修复及末端修复/dA尾添加 (End Repair/dA-Taling)完成后按照相应的建库说明书进行后续实验操作或连接反应。
HB220805
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent是针对FFPE样本而设计的修复试剂，可修复低质量FFPE样本不同程度的损伤，提高文库产量及测序质量。本产品可直接用于Yeasen Hieff NGS®建库试剂盒（Cat#12201/Cat#12197/Cat#12199）及末端加A模块（Cat#12608），体系兼容，可修复5 ng – 1 μg Fragmented FFPE DNA。此外，本产品也适用于Yeasen片段化酶法建库试剂盒Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12204）。
产品组分
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组分编号 |
组分名称 |
24 T |
96 T |
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12606-A |
FFPE DNA Repair Mix |
96 μL |
384 μL |
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12606-B |
Endprep Buffer 2.0 |
144 μL |
576 μL |
运输与保存方法
冰袋运输。-20℃保存，有效期1年。
注意事项
1）为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。
2）请于使用前将试剂盒各组分置于冰上解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀，短暂离心后置于冰上待用。
3）配制各步骤反应液时推荐使用移液器吹打混匀或轻轻振荡，剧烈振荡可能会造成文库产出下降。
4）为避免样品交叉污染，推荐使用带滤芯的枪头，吸取不同样品时请更换枪头。
5）推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应，使用前应预热PCR仪至反应温度附近。
6）本产品仅用作科研用途！
使用方法
单独使用
1. 将表1中试剂置于冰上解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表1所示反应体系。
表1 FFPE DNA Repair反应体系
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名称 |
体积（μL） |
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FFPE DNA（5 ng – 1 μg） |
x |
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Endprep Buffer 2.0 |
6 |
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FFPE DNA Repair Mix |
4 |
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ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表2所示反应程序，进行FFPE DNA Repair反应。
表2 FFPE DNA Repair反应程序
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温度 |
时间 |
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热盖105°C |
On |
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30°C |
20 min |
|
72 °C |
20 min |
|
4°C |
Hold |
5. 如果后续搭配除翌圣以外的建库试剂盒，不确定组分是否兼容的情况下，建议反应完成后使用磁珠进行纯化后再进行下一步反应或咨询翌圣技术支持。
搭配Cat#12197使用
1. 将表3中试剂置于冰上解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表3所示反应体系。
表3 FFPE DNA Repair及末端加A反应体系
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名称 |
体积（μL） |
|
FFPE DNA（5 ng – 1 μg） |
x |
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Endprep Buffer 2.0 |
6 |
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Endprep Enzyme 2.0 |
4 |
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FFPE DNA Repair Mix |
4 |
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ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表4所示反应程序，进行FFPE DNA Repair及末端加A反应。
表4 FFPE DNA Repair及末端加A反应程序
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温度 |
时间 |
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热盖105°C |
On |
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30°C |
20 min |
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72 °C |
20 min |
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4°C |
Hold |
5. FFPE DNA修复及末端修复/dA尾添加 (End Repair/dA-Taling)完成后可接Cat#12197 Hieff NGS® Ultima Pro DNA Library Prep Kit for Illumina® V2 全能型DNA建库试剂盒V2，按照说明书进行接头连接。
搭配Cat#12608使用
1. 将表5中试剂解冻后，颠倒混匀，置于冰上备用。
2. 于冰上（4℃）配制表5所示反应体系。
表5 FFPE DNA Repair及末端加A反应体系
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名称 |
体积（μL） |
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FFPE DNA |
x |
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End Repair/dA-Tailing Enzyme |
4 |
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End Repair/dA-Tailing Buffer |
6 |
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FFPE DNA Repair Mix |
4 |
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ddH2O |
Up to 60 μL |
3. 使用移液器轻轻吹打或轻柔振荡混匀，并短暂离心将反应液离心至管底。
4. 将上述PCR管置于PCR仪，设置表6所示反应程序，进行FFPE DNA Repair及末端加A反应。
表6 FFPE DNA Repair及末端加A反应程序
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温度 |
时间 |
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热盖105°C |
On |
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30°C |
20 min |
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72℃ |
20 min |
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4°C |
Hold |
5. FFPE DNA修复及末端修复/dA尾添加 (End Repair/dA-Taling)完成后按照相应的建库说明书进行后续实验操作或连接反应。
HB220805
Q：12606可以修复哪些损伤？
A：胞嘧啶脱氨成尿嘧啶、碱基氧化、3’端封闭、切刻和gap等。不能修复DNA片段化和DNA-蛋白质交联等损伤。
Q：是否会引入新的突变？
A：翌圣优化的试剂可有效降低突变假阳性率，提升文库产量，降低嵌合reads数等。
Q：与12608搭配怎么使用？
A：可以共用一种Buffer，在一管中同时进行损伤修复、末端修复和加A反应。
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