2×实时定量PCR扩增预混液|Hieff UNICON® qPCR SYBR Green Master Mix(抗体法,Low Rox)
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产品简介
本产品是2×实时定量PCR扩增的预混合溶液。采用的抗体法热启动DNA聚合酶(货号:10113ES),在预变性温度(95℃)加热30sec,UNICON® Taq抗体失活,释放出Taq DNA Polymerase活性。抗体法热启动Taq酶可以有效抑制引物非特异性退火导致的扩增。同时,配方优化了有效抑制非特异性PCR扩增的因子和提升PCR反应扩增效率的因子,适合低浓度模板的扩增,使定量PCR可以在宽广的定量区域内获得良好的标准曲线。
Mix中含有Hieff® Taq DNA Polymerase、UNICON® Taq抗体、SYBR Green I、dNTPs、Mg2+及Low Rox。使用时,仅需在扩增体系中加入模板和引物即可进行实时荧光定量PCR,大大简化操作过程,降低污染几率。
产品信息
货号 |
11199ES03 / 11199ES08 / 11199ES25 / 11199ES50 / 11199ES60 |
规格 |
1 mL / 5×1 mL / 5×5 mL / 10×5 mL / 20×5 mL |
储存条件
-25~-15℃避光保存,有效期18个月。本品避免反复冻融。产品中含有荧光染料SYBR Green I,保存或配制反应体系时需避免强光照射。
使用说明
- 反应体系(推荐冰上配制)
组分 |
体积 (μL)**** |
体积 (μL) |
终浓度 |
Hieff UNICON® qPCR SYBR Green Master Mix (抗体法,Low Rox)* |
25 |
10 |
1× |
Forward Primer (10 μM)** |
1 |
0.4 |
0.2 μM |
Reverse Primer (10 μM)** |
1 |
0.4 |
0.2 μM |
模板DNA*** |
X |
X |
– |
RNase Free H2O |
to 50 |
to 20 |
– |
*使用前务必充分混匀,避免剧烈震荡产生过多气泡。
**通常引物终浓度为0.2 μM,也可以根据情况在0.1-1.0 μM之间进行调整。
***如模板类型为未稀释cDNA原液,使用体积不应超过qPCR反应总体积的1/10。cDNA原液建议5-10倍稀释,最佳模板加入量以扩增得到的CT值在20-30个循环为好。
****推荐使用20 μL或50 μL总体积,以保证目的基因扩增的有效性和重复性。
- 扩增程序*
- 两步法
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性** |
95℃ |
30 sec |
1 |
变性 |
95℃ |
10 sec |
40 |
退火/延伸*** |
60℃ |
30 sec**** |
|
熔解曲线阶段***** |
仪器默认设置 |
1 |
2)三步法
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性** |
95℃ |
30 sec |
1 |
变性 |
95℃ |
10 sec |
40 |
退火*** |
55-60℃ |
20 sec |
|
延伸 |
72℃ |
20 sec**** |
|
熔解曲线阶段***** |
仪器默认设置 |
1 |
*高特异性可选择两步法,高效率扩增可选择三步法。
**预变性时间可根据不同模板和引物的具体情况适当增加至3-5 min。
***退火温度和时间请根据引物和目的基因的长度进行调整。
****荧光信号采集请按照仪器使用说明书要求进行实验程序设置,几种常见仪器的时间设定如下:
30sec以上:Applied Biosystems: StepOne, StepOne Plus, 7500 Fast;Roche Applied Science: LightCycler 480;Bio-Rad: CFX96
31sec以上:Applied Biosystems: 7300
34sec以上:Applied Biosystems: 7500
*****熔解曲线通常情况下可以使用仪器默认程序。
- 结果分析
定量实验至少需要三个生物学重复。反应结束后需要确认扩增曲线及熔解曲线。
1)扩增曲线
- Ct值落在20-30之间时,定量分析最准确;
- Ct值小于10,需要将稀释模板后,重新进行实验;
- Ct值介于30-35之间时,需要提高模板浓度,或增大反应体系的体积,以提高扩增效率,保证结果分析的准确性;
- Ct值大于35时,检测结果无法定量分析基因的表达量,但可用于定性分析。
2)熔解曲线
a. 熔解曲线单峰,表明反应特异性好可以进行定量结果分析;若熔解曲线出现双峰或者多峰,则不能进行定量分析。
b. 熔解曲线出现双峰,需要通过DNA琼脂糖凝胶电泳判断非目标峰是引物二聚体还是非特异性扩增。
c. 如果是引物二聚体,建议降低引物浓度,或者重新设计扩增效率高的引物。
d. 如果是非特异性扩增,请提高退火温度,或者重新设计更高特异性的引物。
- 引物设计指南
1) 推荐引物长度25 bp左右。扩增产物长度150 bp为佳,可以在100 bp-300 bp内选择。
2) 正向引物和反向引物的Tm值相差不宜超过2℃。引物Tm值60℃-65℃为佳。
3) 引物碱基分布要均匀,避免出现连续的4个相同碱基,GC含量控制在50%左右。3’端最后一个碱基最好为G或C。
4) 引物内部或者正反两条引物间最好避免出现有3个碱基以上的互补序列。
5) 引物特异性需要用NCBI BLAST程序进行核对。避免引物3’端有2个碱基以上的非特异性互补。
6) 设计完成的引物需要进行扩增效率的检测,只有具备相同扩增效率的引物才可用于定量比较分析。
5. 适用机型
Applied Biosystems: 7500, 7500 Fast, ViiA7, QuantStudio Dx, QuantStudio 3 and 5, QuantStudio 6,7,12k Flex;
Stratagene: MX3000P, MX3005P, MX4000.
注意事项
- 推荐使用本公司cDNA合成试剂盒(Cat#11141),以有效去除RNA样品中残留的基因组。
- 解冻后Master Mix可能出现絮状物质,4℃放置并上下颠倒混匀至溶液澄清,不影响试剂性能。
- 为了您的安全和健康,请穿实验服并佩戴一次性手套操作。
- 本产品仅作科研用途。
Ver.CN20231128
产品简介
本产品是2×实时定量PCR扩增的预混合溶液。采用的抗体法热启动DNA聚合酶(货号:10113ES),在预变性温度(95℃)加热30sec,UNICON® Taq抗体失活,释放出Taq DNA Polymerase活性。抗体法热启动Taq酶可以有效抑制引物非特异性退火导致的扩增。同时,配方优化了有效抑制非特异性PCR扩增的因子和提升PCR反应扩增效率的因子,适合低浓度模板的扩增,使定量PCR可以在宽广的定量区域内获得良好的标准曲线。
Mix中含有Hieff® Taq DNA Polymerase、UNICON® Taq抗体、SYBR Green I、dNTPs、Mg2+及Low Rox。使用时,仅需在扩增体系中加入模板和引物即可进行实时荧光定量PCR,大大简化操作过程,降低污染几率。
产品信息
货号 |
11199ES03 / 11199ES08 / 11199ES25 / 11199ES50 / 11199ES60 |
规格 |
1 mL / 5×1 mL / 5×5 mL / 10×5 mL / 20×5 mL |
储存条件
-25~-15℃避光保存,有效期18个月。本品避免反复冻融。产品中含有荧光染料SYBR Green I,保存或配制反应体系时需避免强光照射。
使用说明
- 反应体系(推荐冰上配制)
组分 |
体积 (μL)**** |
体积 (μL) |
终浓度 |
Hieff UNICON® qPCR SYBR Green Master Mix (抗体法,Low Rox)* |
25 |
10 |
1× |
Forward Primer (10 μM)** |
1 |
0.4 |
0.2 μM |
Reverse Primer (10 μM)** |
1 |
0.4 |
0.2 μM |
模板DNA*** |
X |
X |
– |
RNase Free H2O |
to 50 |
to 20 |
– |
*使用前务必充分混匀,避免剧烈震荡产生过多气泡。
**通常引物终浓度为0.2 μM,也可以根据情况在0.1-1.0 μM之间进行调整。
***如模板类型为未稀释cDNA原液,使用体积不应超过qPCR反应总体积的1/10。cDNA原液建议5-10倍稀释,最佳模板加入量以扩增得到的CT值在20-30个循环为好。
****推荐使用20 μL或50 μL总体积,以保证目的基因扩增的有效性和重复性。
- 扩增程序*
- 两步法
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性** |
95℃ |
30 sec |
1 |
变性 |
95℃ |
10 sec |
40 |
退火/延伸*** |
60℃ |
30 sec**** |
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熔解曲线阶段***** |
仪器默认设置 |
1 |
2)三步法
循环步骤 |
温度 |
时间 |
循环数 |
预变性** |
95℃ |
30 sec |
1 |
变性 |
95℃ |
10 sec |
40 |
退火*** |
55-60℃ |
20 sec |
|
延伸 |
72℃ |
20 sec**** |
|
熔解曲线阶段***** |
仪器默认设置 |
1 |
*高特异性可选择两步法,高效率扩增可选择三步法。
**预变性时间可根据不同模板和引物的具体情况适当增加至3-5 min。
***退火温度和时间请根据引物和目的基因的长度进行调整。
****荧光信号采集请按照仪器使用说明书要求进行实验程序设置,几种常见仪器的时间设定如下:
30sec以上:Applied Biosystems: StepOne, StepOne Plus, 7500 Fast;Roche Applied Science: LightCycler 480;Bio-Rad: CFX96
31sec以上:Applied Biosystems: 7300
34sec以上:Applied Biosystems: 7500
*****熔解曲线通常情况下可以使用仪器默认程序。
- 结果分析
定量实验至少需要三个生物学重复。反应结束后需要确认扩增曲线及熔解曲线。
1)扩增曲线
- Ct值落在20-30之间时,定量分析最准确;
- Ct值小于10,需要将稀释模板后,重新进行实验;
- Ct值介于30-35之间时,需要提高模板浓度,或增大反应体系的体积,以提高扩增效率,保证结果分析的准确性;
- Ct值大于35时,检测结果无法定量分析基因的表达量,但可用于定性分析。
2)熔解曲线
a. 熔解曲线单峰,表明反应特异性好可以进行定量结果分析;若熔解曲线出现双峰或者多峰,则不能进行定量分析。
b. 熔解曲线出现双峰,需要通过DNA琼脂糖凝胶电泳判断非目标峰是引物二聚体还是非特异性扩增。
c. 如果是引物二聚体,建议降低引物浓度,或者重新设计扩增效率高的引物。
d. 如果是非特异性扩增,请提高退火温度,或者重新设计更高特异性的引物。
- 引物设计指南
1) 推荐引物长度25 bp左右。扩增产物长度150 bp为佳,可以在100 bp-300 bp内选择。
2) 正向引物和反向引物的Tm值相差不宜超过2℃。引物Tm值60℃-65℃为佳。
3) 引物碱基分布要均匀,避免出现连续的4个相同碱基,GC含量控制在50%左右。3’端最后一个碱基最好为G或C。
4) 引物内部或者正反两条引物间最好避免出现有3个碱基以上的互补序列。
5) 引物特异性需要用NCBI BLAST程序进行核对。避免引物3’端有2个碱基以上的非特异性互补。
6) 设计完成的引物需要进行扩增效率的检测,只有具备相同扩增效率的引物才可用于定量比较分析。
5. 适用机型
Applied Biosystems: 7500, 7500 Fast, ViiA7, QuantStudio Dx, QuantStudio 3 and 5, QuantStudio 6,7,12k Flex;
Stratagene: MX3000P, MX3005P, MX4000.
注意事项
- 推荐使用本公司cDNA合成试剂盒(Cat#11141),以有效去除RNA样品中残留的基因组。
- 解冻后Master Mix可能出现絮状物质,4℃放置并上下颠倒混匀至溶液澄清,不影响试剂性能。
- 为了您的安全和健康,请穿实验服并佩戴一次性手套操作。
- 本产品仅作科研用途。
Ver.CN20231128
Q1:模板用量X 是多少?常用的量是多少?
A:(1)X 表示模板 DNA 量需要实验者在首次实验时进行摸索。首先对模板DNA 进行稀释(一般推荐 5–10 倍),然后模板量梯度上样,选择 CT 值落在 20–30 之间的最佳上样量。
(2)常用的量是逆转录 500–1000ng 总RNA,稀释 10 倍取 1μL cDNA 进行qPCR 实验。
Q2:qPCR 实验结果的有效性?为什么建议Ct 值要大于 15?
A🙁1)有效性要满足三个条件:(1)标准曲线:扩增效率范围:90–110%,对应斜率为-3–3.5。R2>0.98。 (扩增效率=10-1/斜率-1),当斜率=-3.32 时,扩增效率=100%。
(2)扩增曲线:S 型曲线,且 Ct 值在 15-35 之间,阴性对照 Ct>35 或无Ct 值。
(3) 熔解曲线:为单一峰。(2)3-15 个循环的荧光值标准差的 10 倍是荧光阈值,Ct 值太小了会影响曲线。
Q3:Rox 的作用?
A:ROX 是一种参比染料,其作用是标准化荧光定量反应中的非PCR 震荡,校正加样误差或者是孔与孔之间的误差,提供一个稳定的基线。
Q4:为什么扩增曲线不稳定(扩增曲线平台期锯齿状)?
A:可能原因:a)RNA 纯度低,体系中存在较多杂质;推荐参数:OD260/OD280=1.8–2.0, OD260/OD230>2.0。随着 qPCR 反应的进行,阻碍反应的因素不断增加,若 RNA 纯度低,杂质多,会进一步影响仪器平台期的算法,导致出现锯齿状。
b)仪器长时间未做校准。仪器未校准会使仪器算法错误,导致各种异常结果。
解决方案:a)先梯度加大模板稀释倍数看优化效果。若效果仍不好建议新制备高纯度RNA 重新实验。
b) 定期(一般 1 年)进行仪器校准保养。
Q5:为什么扩增曲线无法达到平台期?
A:可能原因:a)模板量太低(CT 值 35 左右)。推荐 Ct 值:15<Ct<30。原因:Ct 值太大(如 Ct>30),刚进入指数扩增期几个循环就停止了反应,故无法到达平台期。
b)循环次数太少(30 cycles);循环次数过少(如 35)导致刚进入指数扩增期几个循环就停止了反应,故无法到达平台期。
c) 试剂扩增效率低(CT 小,但无法达到平台期,曲线比较“趴”)。
解决方案:a)提高模板量;参考 Q1 的优化方法。
b)提高循环次数;推荐循环数:一般 40。低丰度基因可设 45。
c)做标准曲线测定扩增效率,若确实偏低,则换试剂。
d)增加 Mg2+浓度(会增加非特异扩增)
Q6:为什么出现双峰,并且较低峰 Tm 在 80℃之前?
A:较低峰 Tm 在 80℃之前可能原因:存在引物二聚体(一般mRNA 反转录后定量,产物在 100-150bp 左右,峰对应 Tm 值为 80-90℃。若有引物二聚体存在,引物二聚体大小只有几十bp,峰对应 Tm 值在 70-80℃之间。故会在 80℃以前出现一个峰, 80℃以后出现一个峰),模板浓度过低或引物浓度过高。
解决方案:a)适当提高退火温度; b)提高模板量,降低引物浓度; c)重新设计引物。
Q7:为什么出现双峰,双峰 Tm 都在 80℃以前?
A:双峰Tm 都在 80℃以前的可能原因:做 MicroRNA 定量时存在引物二聚体。Micro RNA 反转录后定量, 产物在 80-90bp 左右,峰对应Tm 值为 70-80℃,若有引物二聚体存在,引物二聚体大小只有几十 bp,峰对应 Tm 值也在 70-80℃之间。故会在 80℃ 以前出现双峰。
优化方法:提高退火温度、降低引物浓度或重新设计引物等方式优化。Q8:为什么出现双峰,并且双峰Tm 都在 80℃以后?
A:可能原因:a)引物特异性过差导致非特异性产物扩增。
b)交叉污染。
c)gDNA 污染,可通过 NRC 进行确认。
解决方案:a)Blast 检查引物特异性,差则重新设计引物。
b)超净台中操作,注意更换 Tip 头,避免交叉污染。
c)通过 NRC 阴性对照进行确认,若有,需重新制备模板。
Q9:为什么是单峰,但 Tm 在 80℃之前?
A:可能原因:扩增产物是完全的引物二聚体,可能是未加模板。
注:若 microRNA,则结果正常(做 microRNA 定量时存在引物二聚体。micro RNA 反转录后定量, 产物在 80-90bp 左右,峰对应 Tm 值为 70-80℃,若有引物二聚体存在,引物二聚体大小只有几十bp,峰对应 Tm 值也在 70-80℃之间。故会在 80℃以前出现双峰)。
解决方案:进行高分辨率琼脂糖电泳,检测有无目的条带,以确定模板是否加入。优化方法:新配制无误的反应体系,重新实验。
Q10:为什么是单峰,但峰不尖锐?
A:可能原因:存在大小相近的非特异性扩增
解决方案:a)温度跨度不高于 7℃,视为可用结果(即 Tm 值跨度<7℃可认为是同一种产物);
b)进行高浓度琼脂糖电泳(高分辨率),确认是否为单一条带。
[1] Qin Q, Shou J, Li M, et al. Stk24 protects against obesity-associated metabolic disorders by disrupting the NLRP3 inflammasome. Cell Rep. 2021;35(8):109161. doi:10.1016/j.celrep.2021.109161(IF:9.423)
[2] Wu S, Guo X, Zhou J, et al. High expression of UNC5B enhances tumor proliferation, increases metastasis, and worsens prognosis in breast cancer [published online ahead of print, 2020 Sep 9]. Aging (Albany NY). 2020;12(17):17079-17098. doi:10.18632/aging.103639(IF:5.682)
[3] Chen Y, Huang X, Zhu K, et al. LIMD2 is a Prognostic and Predictive Marker in Patients With Esophageal Cancer Based on a ceRNA Network Analysis. Front Genet. 2021;12:774432. Published 2021 Nov 18. doi:10.3389/fgene.2021.774432(IF:4.599)
[4] Pan J, Ren Q, Yang Z, et al. The effect of melatonin on the mouse ameloblast-lineage cell line ALCs. Sci Rep. 2022;12(1):8225. Published 2022 May 17. doi:10.1038/s41598-022-11912-3(IF:4.380)
[5] Li W, Zhang Z, Zhang L, et al. Antiviral Role of Serine Incorporator 5 (SERINC5) Proteins in Classical Swine Fever Virus Infection. Front Microbiol. 2020;11:580233. Published 2020 Sep 4. doi:10.3389/fmicb.2020.580233(IF:4.236)
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[7] Zhao Y, Castro LFC, Monroig Ó, Cao X, Sun Y, Gao J. A zebrafish pparγ gene deletion reveals a protein kinase network associated with defective lipid metabolism [published online ahead of print, 2022 Mar 15]. Funct Integr Genomics. 2022;10.1007/s10142-022-00839-7. doi:10.1007/s10142-022-00839-7(IF:3.410)
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